自贸区公司注销的费用主要包括以下几个方面：
代理费
代理费一般为2000元。
登报费用
登报及银行注销环节可能产生固定费用，大约几百至一千元。
代办机构费用
若选择委托代办机构，则费用主要包括服务费与罚款，且复杂程度越高，收费越高。
清算费用
公司清算完毕后，清算小组应编制清算报告，经股东会议或法院确认后送交登记机关办理注销登记，同时发布公司终止公告。清算过程中可能涉及一些额外费用，具体金额视实际情况而定。
综合以上各项费用，自贸区公司注销的总费用大约在 3000元至8000元之间，具体费用根据公司的运营情况、当地政府政策的差异以及代办的收费标准而定。一些情况下，如果公司存在严重问题或需要解决税务异常等问题，注销费用可能会更高，甚至需要几万元甚至几十万元。
建议：
选择代理服务时，应详细询问费用构成，并确保选择有资质、信誉良好的代办机构。
自行办理注销手续时，应提前了解并准备好所有相关材料和费用，以确保流程顺利进行。