996公司的加班费计算方式如下：
工作日加班：
支付不低于平时工资的150%的工资报酬。
休息日加班：
支付不低于平时工资的200%的工资报酬。
法定节假日加班：
支付不低于平时工资的300%的工资报酬。
以月薪12000元为例，假设每天工作8小时，时薪为75元：
工作日加班：每天加班3小时，每天加班费为75元×150% = 112.5元，每月加班费为112.5元×22天 = 2475元。
休息日加班：假设每周加班1天，每天加班费为75元×200% = 150元，每月加班费为150元×4周 = 600元。
法定节假日加班：假设法定节假日加班1天，每天加班费为75元×300% = 225元。
总计每月加班费约为：2475元 + 600元 + 225元 = 3300元。
需要注意的是，具体的加班费计算还需结合实际情况，如加班时间、合同约定及公司的具体政策等。此外，996工作制本身是违反《劳动法》的，劳动者有权拒绝超时加班，并且可以要求公司依法支付加班费。