根据我国劳动法律法规的规定，用人单位在扣员工工资时，有以下限制：
扣款额度限制：
用人单位扣员工工资通常不得超过当月工资的20%。例如，如果员工当月工资为5000元，那么公司最多只能扣1000元。
最低工资保障：
扣除工资后，剩余的工资不得低于当地的最低工资标准。
经济损失赔偿：
如果员工因个人原因给单位造成经济损失，单位可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失，但每月扣除的赔偿部分不得超过员工当月工资的20%。
特殊情况：
在一些特殊情况下，如员工违反公司规章制度，公司可以依据规章制度扣工资，但必须有明确的规章制度作为依据，并且扣款额度和方式需合理合法。
综上所述，公司在扣员工工资时，必须遵守相关法律法规，确保扣款额度不超过当月工资的20%，并且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。如果扣除赔偿后剩余工资低于最低工资标准，则应按最低工资标准支付。