公司计算员工工资应缴纳的所得税通常遵循以下步骤和公式：
确定应纳税所得额
应纳税所得额 = 月收入 - 五险一金 - 起征点 - 其他扣除
其中，五险一金通常包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金。
起征点为每月5000元人民币。
其他扣除可能包括专项扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等）。
应用税率和速算扣除数
应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数
适用税率根据应纳税所得额的不同而变化，通常采用超额累进税率。
计算实发工资
实发工资 = 应发工资 - 五险一金 - 应纳个人所得税
应发工资是指员工应获得的总收入。
举个例子，如果一个员工的月收入为10000元，扣除五险一金后剩余8000元，扣除起征点5000元后，应纳税所得额为3000元。根据适用的税率和速算扣除数，计算出应缴纳的税额，然后从应发工资中扣除该税额，得到实发工资。
请注意，税法可能会有更新和变化，具体计算时应参考最新的税法规定和相关政策。