运输公司的运费税率主要根据纳税人种类和具体服务类型来确定，具体如下：
一般纳税人
9%税率：适用于交通运输服务，包括陆路运输、水路运输、航空运输、管道运输以及无运输工具承运业务等。此外，邮政服务如邮政普通服务、邮政特殊服务和其他邮政服务也适用9%的税率。
11%税率：曾适用于提供运输服务的一般纳税人，但该税率已经于2018年5月1日调整为10%。
小规模纳税人
3%征收率：从2023年1月1日到2027年12月31日，增值税小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，减按1%征收增值税。
建议
一般纳税人：如果您的公司是一般纳税人，提供上述适用9%税率的交通运输服务，应按照此税率进行增值税申报和缴纳。
小规模纳税人：若您的公司为小规模纳税人，在2023年1月1日至2027年12月31日期间，提供运输服务应按照3%的征收率减按1%征收增值税。
请根据最新的税法规定和自身情况选择合适的税率进行税务申报。