公司多扣的税费取决于具体情况和所涉及的税种。以下是一些关键点的总结：
增值税
小规模纳税人：增值税减按1%征收，政策执行到2027年12月31日。
一般纳税人：增值税税率分为3%（小规模纳税人）、6%、9%、13%四档，具体税率根据行业和具体情况而定。
企业所得税
基本税率：25%。
小型微利企业：年利润300万以内，企业所得税率为5%，最高缴纳15万。
高新技术企业或特定区域企业：企业所得税可以减按15%征收。
其他税收优惠：根据行业不同，企业所得税的扣除比例在7-30%之间。
个人所得税
工资、奖金、股权收益等应税所得需缴纳个人所得税，税率分为7个档次。
其他税费
城市维护建设税：增值税的7%。
教育附加费：增值税的3%。
地方教育附加费：增值税的2%。
印花税：根据合同金额的不同，税率在万三到万五之间。
示例计算
假设公司年营业额为300万元，且为一般纳税人，增值税税率为13%，企业所得税税率为25%，个人所得税综合税负为6%。
增值税
销项税额：300万元 × 13% = 39万元
进项税额：假设进项税额为20万元
应纳增值税：39万元 - 20万元 = 19万元
企业所得税
应纳税所得额：300万元 - 20万元（进项税额）= 280万元
应纳企业所得税：280万元 × 25% = 70万元
个人所得税
假设公司向个人发放的工资总额为100万元，年终奖为14.4万元，综合税负为6%
个人所得税额：100万元 × 6% + 14.4万元 × 6% = 6.24万元
其他税费
城市维护建设税：19万元 × 7% = 1.33万元
教育附加费：19万元 × 3% = 0.57万元
地方教育附加费：19万元 × 2% = 0.38万元
印花税：根据合同金额计算，假设合同金额为500万元，印花税率为万三，则印花税为1.5万元
总税额
总税额 = 19万元（增值税） + 70万元（企业所得税） + 6.24万元（个人所得税） + 1.33万元（城市维护建设税） + 0.57万元（教育附加费） + 0.38万元（地方教育附加费） + 1.5万元（印花税） = 98.02万元
多扣税费
如果公司实际缴纳的税额为98.02万元，而按标准应缴纳的税额为70万元（企业所得税） + 19万元（增值税） + 6.24万元（个人所得税） + 1.33万元（城市维护建设税） + 0.57万元（教育附加费） + 0.38万元（地方教育附加费） + 1.5万元（印花税） = 98.02万元，则公司没有多扣税费，实际缴纳税额与应缴纳税额一致。
如果公司实际缴纳的税额少于98.02万元，则需要进一步检查是否有税收优惠未申请或进项税额未充分抵扣等情况。如果公司实际缴纳的税额多于98.02万元，则公司多扣了相应差额的税费。