肥料公司需要交纳的税种主要包括 增值税和企业所得税，具体税率如下：
增值税
一般纳税人：销售和进口化肥适用13%的税率。
小规模纳税人：销售化肥适用3%的征收率。
企业所得税
一般纳税人：按利润计算，税率为25%。
小规模纳税人：若年销售额在30万元以下且符合小型微利企业条件，则税率可降至20%。
此外，还需要注意以下附加税：
城建税：实交增值税额的7%。
教育费附加：实交增值税额的3%。
地方教育附加：通常为流转税基础的2%。
建议
一般纳税人：应充分利用13%的增值税税率，并关注进项税额的抵扣，以降低税负。
小规模纳税人：虽然适用3%的征收率，但可以关注是否有减免政策或其他税收优惠，以进一步减轻税负。
企业所得税：合理规划企业利润，确保符合小型微利企业的条件，以享受更低的税率。
请根据最新的税收政策和企业实际情况，详细计算和申报各项税费。