南京公司注册费用主要包括以下几个方面：
核名费：
免费。
工商执照办理费：
免费。
刻章费：
600-900元。
组织机构代码证办理费：
免费。
银行开户费：
800-1500元。
开通社保费：
免费。
税务登记费：
免费。
商务挂靠地址费：
900元起/年。
验资报告费：
0-500元。
代理服务费：
600-800元。
综合以上费用，南京公司注册费用大约在 1000元-1500元之间，如果选择代理机构代办，则费用可能在 1500元-2000元之间。具体费用还需根据公司的具体情况（如公司类型、注册资本、注册地址等）和选择的服务项目而定。
建议：
如果时间充裕，可以选择自己办理，节省代理服务费。
如果希望节省时间，可以选择委托专业的工商财税代理机构代为办理，虽然会有一定的代理服务费，但通常可以节省大量的时间和精力。