豆制品公司应缴纳的增值税税率为 13%。自2019年4月1日起，原适用的16%税率已经调整为13%。
具体计算公式为：
\[
\text{当期允许抵扣农产品增值税进项税额} = \text{当期主营业务成本} \times \text{农产品耗用率} \times \text{扣除率} / （1 + \text{扣除率}）
\]
其中，农产品耗用率计算公式为：
\[
\text{农产品耗用率} = \frac{\text{上年投入生产的农产品外购金额}}{\text{上年生产成本}}
\]
通过以上方式计算抵扣进项税额，可以有效降低企业税负。