佣金的合法性主要取决于具体的情况和相关的法律法规。以下是一些关键点：
法律层面没有具体限制：
佣金的比例在法律层面并没有一个具体的限制，只要双方同意即可。
企业所得税前的扣除限额：
根据《财政部 国家税务总局关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕29号），企业在计算企业所得税的税前扣除时，佣金支出不超过与具有合法经营资格中介服务机构或个人签订的服务协议或合同确认的收入金额的5%部分，准予扣除；超出部分需要做纳税调增，否则在税务上是不合法的。
证券公司的佣金比例：
对于证券公司而言，根据相关法规，佣金比例（即交易佣金占交易金额的比例）不得超过证券交易金额的3‰（千分之三）。此外，单笔佣金若计算后不足5元人民币，将按5元收取，这是所谓的“最低佣金起收点”。
反不正当竞争法规定：
佣金收入必须如实入账，且收取方应具备合法经营资格。若佣金比例超过法定限制（如超过5%），则可能构成违法行为。
综上所述， 公司佣金的合法性主要取决于是否遵守了相关的税法规定和合同约定，以及是否超过了法定的扣除限额。对于一般企业，佣金比例在5%以内是允许的，但需要符合相关税法规定并进行纳税调增；对于证券公司，佣金比例不得超过交易金额的千分之三，且存在单笔佣金的最低收费规定。
建议在确定佣金比例时，务必遵守相关法规和合同约定，确保合法合规。