公司大额医疗保险的扣除情况存在多种情形，具体如下：
用人单位和职工个人共同缴纳
用人单位按本单位职工和退休人员缴费基数的1%缴纳大额医疗保险费。
职工和退休人员个人每人每月按2元钱缴纳大额医疗保险费。
个人单独缴纳
某些情况下，个人可能需要单独缴纳大额医疗保险费，具体金额可能因地区而异。
大额医疗保险的年度支付限额
大额医疗费用互助资金在一个年度内累计支付职工和退休人员门诊、急诊医疗费用的最高数额为2万元。
对于住院医疗费用、恶性肿瘤放射治疗和化学治疗、肾透析、肾移植后服抗排异药的门诊医疗费用，大额医疗费用互助资金支付70%，个人支付30%，且年度累计支付最高数额为10万元。
综上所述，公司大额医疗保险的扣除情况主要取决于所在地区的具体政策，包括用人单位和个人的缴费比例及金额。建议您查阅当地的相关政策文件，以获取最准确的信息。